Il Collegio di Direzione è un organo dell'Agenzia che concorre al governo e alla pianificazione delle attività, incluse la ricerca, la didattica, i programmi di formazione e le soluzioni organizzative per l’attuazione dell’attività libero-professionale intramuraria. Partecipa inoltre alla valutazione interna dei risultati conseguiti in relazione agli obiettivi prefissati ed è consultato obbligatoriamente dal Direttore Generale su tutte le questioni attinenti al governo delle attività.
È demandata alla Regione l’individuazione della composizione, la definizione delle competenze e dei criteri di funzionamento, nonché le relazioni con gli altri organi aziendali.
Nelle more della costituzione del Collegio quale organo dell’Agenzia in conformità alle indicazioni che verranno fornite dalla Giunta regionale, l'ATS in base all’attuale assetto organizzativo ha stabilito che lo stesso è presieduto dal Direttore Generale ed è composto dal Direttore Sanitario, dal Direttore Amministrativo, dal Direttore Sociosanitario, dai Direttori di Dipartimento, dai Direttori delle Strutture Complesse Servizio Pianificazione e Sistema Informativo.